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自2019年12月疫情暴发以来，2019冠状病毒病（COVID-19）已在全球219个国家（地区）蔓延。COVID-19全球大流行造成的45,678,440例确诊病例和1,189,945例死亡给人类带来了巨大灾难。目前，随着北半球进入秋冬，可能预示着呼吸道传染病的高发，欧洲多国已经开始了第二波新冠疫情。在 COVID-19 爆发后，中国迅速采取了充分措施，在武汉和全国范围内控制了疫情。此后，在绥芬河、哈尔滨[ 1 ]、舒兰[ 2 ]、北京、乌鲁木齐[ 3 ]、大连[ 4 ]发生了8次零星局部暴发。]，最近分别是青岛和喀什。
2020年9月24日，在青岛港对人员进行常规核酸检查时，发现两名装卸工人SARS-CoV-2阳性，被确定为无症状感染者。青岛市疾病预防控制中心迅速作出反应，通过广泛的流行病学调查确定感染源。据透露，这两个病例都没有 COVID-19 病例接触史，也没有外国人员接触史。但均于2020年9月19日进行了散装冷冻鳕鱼的装卸。
随后，采集冷冻鳕鱼外包装的表面拭子样本进行检测。在 421 个表面样本中，有 50 个被检测为 SARS-CoV-2 核酸阳性。之后，对两名工人的咽拭子样本和冷冻鳕鱼外包装表面拭子样本进行了全基因组测序和病毒分离。七个表面拭子样本和两个鼻咽拭子样本成功获得了全长基因组序列。接种 Vero-E6 细胞后，在培养 6 天期间未观察到细胞病变效应 (CPE)；然而，一份表面样本和一份鼻咽拭子样本的上清液经检测呈 SARS-CoV-2 阳性。然后将两种上清液接种在Vero-E6细胞新的表层上，继续进行病毒分离。图 1 )。同时，我们利用Illumina MiSeq平台成功获得了病毒全基因组序列。对于两个细胞培养的样本，基因组序列比对也证实了 SARS-CoV-2 分离的阳性结果。
图 1。用鳕鱼外包装表面拭子样本接种后 Vero-E6 细胞培养物中的细胞病变效应。A. Vero-E6细胞第2代后6天，用10×物镜观察细胞病变；B.用10×物镜观察阴性对照。
与 2020 年 1 月 7 日从湖北省武汉市分离的参考序列（NC 045512）相比，这些病毒共观察到 16 个核苷酸变异。系统发育分析表明，SARS-CoV-2（hCoV-19/青岛/IVDC-QD-11-2P2/2020 和 hCoV-19/Qingdao/IVDC-QD-G2020QD80P2/2020 分别从鳕鱼包装表面和 worder 的咽拭子样本中分离出来）导致青岛市疫情在欧洲下降分支（L lineage B1.1），起源于欧洲（图2）。从患者鼻咽拭子中分离出的病毒全基因组序列与原始样本具有100%的相似性。相比之下，病毒的基因组序列与冷冻鳕鱼外包装的原始片段高度同源，具有两个不同的核苷酸（表 1 )。
图 2。基于 COVID-19 病毒全长基因组序列的青岛分离出的 SARS-CoV-2 和相应原始样本的系统发育。从工人和鳕鱼包装表面分离的病毒以及相应的原始样本分别用红色和青色字符表示。
表 1。来自青岛样本的不同 SARS-CoV 的核苷酸变异。
| 位置 | 参考 | 替代 | 11-2 | 11-2P2 | G2020QD80 | G2020QD81 | QD-80P2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | C | 吨 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 1,282 | C | 吨 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 |
| 2,523 | C | 吨 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| 3,037 | C | 吨 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 3,743 | C | 吨 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 3,773 | C | 吨 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 5,144 | C | 吨 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 |
| 5,170 | C | 吨 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 14,408 | C | 吨 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 23,299 | 一种 | G | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 23,403 | 一种 | G | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 23,755 | G | 吨 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 28,881 | G | 一种 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 28,882 | G | 一种 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 28,883 | G | C | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 29,868 | G | T,*,C | 3 | 1 | 0 | 2 | 0 |
Ref 表示参考序列。
Alt 表示与参考序列相比的变化。
我们在全球首次从进口冷冻鳕鱼外包装表面分离出 SARS-CoV-2。结合流行病学数据，我们得出结论，青岛的 COVID-19 疫情可能是由于生产或冷链运输过程中鳕鱼外包装受到 SARS-CoV-2 污染所致。据我们所知，当冷链运输过程中温度达到-18℃时，病毒在低温条件下可以存活21天以上[ 5 ]。一旦到达目的地，SARS-CoV-2 病毒可能会通过直接接触货物而感染装卸工人或在港口工作的其他工作人员（图 3））。北京新发地市场COVID-19疫情中鲑鱼表面SARS-CoV-2核酸阳性。然而，由于检测样本的核酸浓度较低，尚未分离出活病毒。从海鲜包装表面成功分离出SARS-CoV-2病毒，证明通过冷链运输再次感染人类并引发疫情的输入性病毒是完全有可能的。今后，我们应加强对进口冷链食品的检验检疫，更加注意相关工作人员的人身保护，以更好地防控COVID-19。
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